Kalkskrænter
Undergrundens højtliggende lag af kalk kommer mange steder til syne i gamle havskrænter fra stenalderen. De rummer en særpræget flora, som er meget forskellig fra klitheder og plantager.
Her vokser for eksempel hvidgrå draba, arter af ensian, bakkefnokurt og ikke mindst klitøjentrøst, som på verdensplan kun findes i Nordjylland.
Klitplantagerne
De første forsøg på at plante træer i det vestlige Thy fandt sted i 1816-20. Det mislykkedes, men omkring midten af århundredet fandt plantørerne frem til metoder og udenlandske træarter som bjergfyr, der kunne vokse i det sandede, salte og blæsende klima.
Siden er mange andre arter af nåletræer fra fjerne egne blevet plantet mellem bjergfyrene. Og det er nu en af nationalparkens målsætninger at skabe mere artsrige skove med hjemmehørende, løvfældende træer og en mere naturlig vandstand.
Naturpleje
Naturen i de danske klitheder er sårbar. De største trusler er tilgroning af invasive arter af især nåletræer og rynket rose. Også tidligere tiders dræning samt tilførsel af kvælstof fra luften påvirker klitheden negativt.
For at fremme den oprindelige klitvegetation bliver visse dele afgræsset. Og fra tid til anden bliver der lavet målrettet rydning eller afbrænding af vegetationen. Græsningen foregår blandt andet med husdyr, men også en voksende bestand af kronvildt er med til at sikre klithederne i Nationalpark Thy.
Den naturlige vandstand i de åbne klitlandskaber vil løbende blive genskabt ved at afvikle dræn og grøfter. På samme måde er det en målsætning, at skovdriften skal blive mere naturnær, hvilket på langt sigt skal sikre stabile, artsrige og rekreativt værdifulde skove.